El Rector y el Consejo de Centro del Centro Universitario de los Altos, en apoyo a sus funciones de gestión y con el objetivo de promover una investigación de calidad, cuentan con el Consejo de Investigación, órgano de carácter directivo en el establecimiento de las estrategias y acciones del Centro en materia de investigación, desarrollo e innovación científica y tecnológica. Su objetivo será el coordinar la formulación de las políticas y las actividades institucionales para el desarrollo de la investigación, supervisar la ejecución de los mismos e impulsar y promover la vinculación de CUAltos con universidades, industrias, gobierno y comunidades.